Asal Mula Sinei berasal dari sebuah Pohon Besar yang bernama “ ENEY “ yang hidup di tepi Jalan  dan Pohon ini menjadi tempat persinggahan bagi masyarakat yang sedang melakukan perjalanan dari arah Timur Kearah Barat Tanjung Mosing, yang dulunya di kenal sebagai Kampung nelayan Bajo.

Pada Tahun 1932 dan dimasa Kepemimpinan Bapak LAHAMUDO  terbentuklah sebuah wilayah Perdesaan Yang Bernama “ SINEI “ sebagai tempat permukiman masyarakat  untuk dapat bertahan Hidup dan akhirnya bisa bergenarasi seterusnya sampai saat ini. 

Pada Tahun 1932 Desa Sinei memiliki batas wilayah pemerintahan dengan batas-batas wilayah sebagai sebagai berikut :

* Sebelah Utara Berbatas dengan Desa Maninili

* Sebelah Timur Berbatas dengan Teluk Tomini

* Sebelah Selatan Berbatas dengan Desa Tada

* Sebelah Barat Berbatas dengan Hutan Negara yang Belum terkelola oleh siapapun

Adapun struktur Pemerintahan Desa  Sinei  dari Masa Kemasa ialah :

Dimasa Zaman Kepemimpinan Bapak Hanapi Lampasio  di Tahun 2004 Desa Sinei Telah memekarkan Sebuah Dusun POLY menjadi sebuah desa yang Memiliki Sistem Pemerintahan tersendiri yang saat ini di kenal nama yang Disebut dengan Desa POLY

dan Dimasa yang sama Yaitu Pada Tahun 2016 Desa Sinei Kembali Memekarkan Tiga Dusun diwilayah pemerintahanya yaitu  Dusun Bambanipa, Dusun Kayu Lai, dan Dusun Pimpit.  yang mana  bertepatan di Dusun Bambanipa tersebut terletak sebuah Menara Khatulistiwa yang Saat ini di Kenal dengan Sebutan TUGU KHATULISTIWA Sebagai Pusat Belahan Bumi dan Telah Menyatakan Telah memiliki sistem Pemerintahan Sendiri Sehingan Menjadi Sebuah Desa tersendiri. Yang saat ini dikenal dengan Sebutan Desa Khatulistiwa.

dimasa Kepemimpinan Bapak AS'AD SAPLAHAb  Pada Tahun 2011 Sebuah Dusun Di Desa Sinei Kembali Ingin memiliki Sistem Pemerintahan Tersendiri sehingga Pada Tahun 2012 Dusun tersebut kini telah menjadi sebuah Desa yang saat ini di Kenal dengan nama Desa Siney Tengah.

(Data tersebut bersumber Dari Data Sementara yang ada di tangan Pemerintah Desa Saat ini )